Créée par le Conseil fédéral en 1920, la fondation décerne chaque année le Prix scientifique suisse Marcel Benoist. Conformément au testament de Marcel Benoist, ce prix doté de 250 000 francs est attribué à des chercheurs ayant fait la découverte ou l'étude la plus utile dans les sciences, particulièrement celles qui intéressent la vie humaine.

Le Conseil de fondation comprend un représentant ou une représentante de chaque haute école universitaire suisse, de la Confédération et de l'ambassade de France en Suisse. Suite à une adaptation des statuts de la fondation, la présidence est désormais confiée à une personnalité reconnue du monde de la science et de la recherche ; elle n'est plus assumée par le chef du Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (DEFR). Par ailleurs, une personnalité issue de l'économie peut dorénavant être nommée au Conseil de fondation.

Ce « partenariat public-privé » se trouve ainsi renforcé dans ses compétences : la fondation est soutenue par un comité de parrainage réunissant des donateurs privés. Le Conseil fédéral nomme les membres du Conseil de fondation recrutés au sein des milieux scientifiques et économiques, le chef du DEFR décerne le prix, et le secrétariat de la fondation est assuré par le Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation. Enfin, le Fonds national suisse de la recherche scientifique est responsable de la sélection de la lauréate ou du lauréat à l'intention du Conseil de fondation.

Un chercheur nobélisé présidera la Fondation Marcel Benoist