Élu chancelier sans avoir été candidat
Lors de la crise du Sonderbund, Schiess est nommé secrétaire d’État de la Confédération en juillet 1847 à la place d’August von Gonzenbach. Schiess n’avait pas même fait acte de candidature ; c’est par les journaux qu’il apprend sa nomination. Schiess accepte d’entrer en fonction au 1er janvier 1848. En raison de la double vacance à la chancellerie (le chancelier AmRhyn se retire lui aussi en octobre) Schiess doit cependant prendre ses fonctions en novembre 1847 et il assure en même temps l’intérim du chancelier. En 1848, la Diète l’élit officiellement chancelier. À l’automne de la même année, Schiess est confirmé dans son poste par 121 voix sur 124, signe de la haute considération qu’il s’est rapidement acquise par delà le parti de la guerre comme serviteur de l’État. Pendant 33 ans, Schiess impose à son office la marque de sa personnalité.

Un grand travailleur aux mérites reconnus
Schiess est à son bureau à cinq heures du matin et y travaille jusque tard dans la nuit. Il se montre aussi sévère à l’égard de ses employés qu’envers lui-même : il n’aurait apparemment pas hésité à administrer une bourrade à un retardataire ou à se servir de sa règle pour encourager les employés paresseux. Sous sa férule, l’administration fédérale acquiert une réputation internationale. En 1862, il est fait docteur honoris causa de l’université de Iéna avec la mention : « [...] à l’homme ayant la plus grande expérience des affaires de son office, au défenseur inflexible de la liberté helvétique. » Schiess s’est rendu fameux par ses procès-verbaux concis, nuancés et substantiels des débats du Conseil national et notamment des discussions de 1870 à 1874 relatives à la Constitution, qu’il a publiées dans leur intégralité.

Une stature d’homme politique
Schiess fait calligraphier très soigneusement les écrits destinés à l’étranger ou ceux qui ont une portée de droit public, ce qui vaut les plus grands éloges à la chancellerie comme à lui-même, en Suisse et à l’étranger. Le Conseil fédéral lui confie également des missions auprès d’États voisins. À partir de 1881, ayant pris sa retraite, Schiess représente son canton au Conseil national. Il meurt le 6 juillet 1883, victime d’une attaque cérébrale, alors qu’il se rendait au Conseil national dont il avait rédigé des procès-verbaux pendant 33 ans.