L’article 38 de l’Acte de médiation du 19 février 1803 fait état d’un chancelier et d’un greffier (sans toutefois nommer explicitement la chancellerie). La même année, la Diète arrête que, dans la mesure du possible, les deux titulaires seront originaires de cantons différents et seront de religion différente (protestante ou catholique). Leur salaire et leur hébergement sont à la charge du canton directeur de l’année en cours. Comme la présidence de la Diète change à la fin de chaque année, la chancellerie doit se déplacer avec tout son équipement et tous ses dossiers. Étant donné les conditions de transport de l’époque – qui plus est, pendant la mauvaise saison – ces déménagements constituent souvent une entreprise pénible.

5 juillet : le premier chancelier de la Confédération est nommé à Fribourg en la personne du secrétaire général sortant de l’ancien Directoire helvétique, Jean Marc Samuel Isaac Mousson. La chancellerie est la seule institution permanente assurant un minimum de continuité et de stabilité. De ce fait, le chancelier exerce une forte influence sur le landammann, qui lui est supérieur hiérarchiquement mais qui change chaque année.