Aufwertung der Bundeskanzlei nach der Mirage-Affäre 1964
Die Diskussionen über die Verwaltungs- und Regierungsreform in der Folge der "Mirage-Affäre" (Kostenüberschreitungen bei der Beschaffung des neuen Kampfflugzeuges) von 1964 führten 1968 zur Wiederaufwertung der Bundeskanzlei zur allgemeinen Stabsstelle des Bundesratskollegiums. Der Kanzler erhielt ein eigenes Antragsrecht im Bundesrat.

Starker Kanzler
Erprobter Manager mit politischer Nase, wurde Karl Huber bei der Kanzlerwahl 1967 als erster Kanzleiexterner seit Gottlieb Ringier (1881) dem bisherigen Vizekanzler Felix Weber bereits im ersten Wahlgang vorgezogen. In der Leitung der Bundeskanzlei setzte sich der Parteienproporz der Zauberformel durch: Bundeskanzler Huber erhielt einen freisinnigen (Jean-Marc Sauvant) und einen sozialdemokratischen (Walter Buser) Vizekanzler. Karl Huber straffte und rationalisierte umgehend die Entscheidungsverfahren des Bundesrats, standartisierte die verwaltungsinternen Entscheidvorbereitungen, schuf Regeln für das politische Vorverfahren der Gesetzgebung (Vernehmlassungsverfahren), arbeitete die ersten Regierungsrichtlinien des Bundesrates aus und führte zur "zauberformelgerechten" Suche tragfähiger Konsenslösungen unter den nun vier Bundesratsparteien die von Wattenwylgespräche ein. Huber machte so aus der Kanzlei ein starkes Führungsinstrument und verankerte die Reformen im Verwaltungsorganisationsgesetz von 1978. Die politischen Rechte wurden in einem Gesetz zusammengefasst (Volksabstimmung vom 4. Dezember 1977).

Politischer Manager
Weder "achter Bundesrat" noch "graue Eminenz" im Bundesrat, hatte Karl Huber doch als tatkräftiger Organisator und scharfsinniger Stabschef grossen Einfluss auf die Bundesratsgeschäfte. Als starke Persönlichkeit mit menschlichem Einfühlungs- und politischem Durchsetzungsvermögen fand er immer wieder Wege, um widerstrebende Tendenzen und persönliche Differenzen im Bundesratskollegium zu überwinden und zielorientiert zu bündeln. Karl Huber stärkte die Bemühungen um eine verständlichere Gesetzessprache und einen einheitlichen Aufbau der Rechtserlasse (Gesetzestechnik). Die Parlamentsdienste wurden noch nicht juristisch, aber organisatorisch von der Bundeskanzlei losgelöst. Die Universität Freiburg im Ue. verlieh dem verdienten Magistraten den Ehrendoktor.