Die Mediationsakte vom 19. Februar 1803 erwähnt in Artikel 38 sowohl einen Kanzler wie einen Staatsschreiber (nicht aber die Kanzlei selbst). Im selben Jahr hält die Tagsatzung fest, dass die beiden nach Möglichkeit aus verschiedenen Orten kommen und verschiedenen Konfessionen (protestantisch oder katholisch) angehören sollen. Für ihren Lohn wie für die Wohnung hat der jeweilige Direktorialkanton aufzukommen. Da der Vorsitz in der Tagsatzung immer auf Jahresende wechselt, muss die Bundeskanzlei samt Ausrüstung und Akten jährlich den Arbeitsort wechseln. Dies war bei den damaligen Transport-verhältnissen oft ein mühsames Unterfangen.

5. Juli: Der bisherige General-sekretär des Helvetischen Direktoriums, Jean Marc Samuel Isaac Mousson, wird in Freiburg zum ersten Kanzler der Eidgenossenschaft gewählt. Die Kanzlei ist die einzige ständige Institution, die ein gewisses Mass an Kontinuität und Stabilität vermittelt. Der Einfluss des Kanzlers auf den höhergestellten, aber jährlich rotierenden Landammann ist deshalb gross.