Le Tribunal fédéral est l’autorité judiciaire suprême de la Confédération. Il représente le pouvoir judiciaire au même titre que l’Assemblée fédérale et le Conseil fédéral représentent les pouvoirs législatif et exécutif. Son siège, à Lausanne, réunit les deux cours de droit public, les deux cours de droit civil et la cour de droit pénal. Les deux cours de droit social sont à Lucerne.
Trois nouveaux tribunaux fédéraux de première instance ont été créés en 2000 lors de la réforme de la justice : le Tribunal pénal fédéral, dont le siège est à Bellinzone, ainsi que le Tribunal administratif fédéral et le Tribunal fédéral des brevets, ayant tous deux leur siège à Saint-Gall.