C'est l'Assemblée fédérale qui élit les conseillers fédéraux. La réélection a lieu tous les quatre ans, en décembre, juste après le renouvellement intégral du Parlement

Procédure:

Chaque citoyen suisse ayant le droit de vote est éligible pour le Conseil fédéral, et il n'est pas obligatoire de s'être porté candidat officiellement pour être élu. Les conseillers fédéraux sont élus tour à tour. Après cela,  le président de la Confédération et le vice-président du Conseil fédéral sont élus lors d'un scrutin séparé, pour l'année qui suit. Les conseillers fédéraux qui se représentent sont soumis au scrutin de réélection selon l'ordre d'ancienneté.

L'élection se déroule comme suit :

• L'Assemblée fédérale vote à bulletins secrets sur plusieurs tours.
• N'importe quelle personne éligible peut recevoir des votes lors des deux premiers tours.
• A partir du troisième tour, aucune nouvelle candidature n'est admise. Si aucun candidat n'a reçu la majorité absolue, la personne ayant reçu le plus petit nombre de voix est éliminée pour le tour suivant.
• Le procédé est répété jusqu'à ce qu'une personne récolte la majorité absolue des voix, et soit par conséquent déclarée vainqueur du scrutin.
• Les conseillers fédéraux sont élus pour une législature de quatre ans.

A noter aussi, qu'après les élections des conseillers fédéraux se déroule également l'élection du Chancelier/de la Chancelière de la Confédération. La procédure est la même que pour le Conseil fédéral.