La section Affaires du Conseil fédéral organise la procédure de co-rapport, inscrit les objets à l’ordre du jour et prépare les séances du Conseil fédéral. Elle synthétise, à l’intention des membres du gouvernement et de leurs états-majors, les co-rapports et avis exprimés par les départements et la Chancellerie fédérale : elle établit ainsi ce que l’on nomme la liste des divergences.

Après la séance du Conseil fédéral, la section Affaires du Conseil fédéral rédige et diffuse les décisions gouvernementales. Elle suit les dossiers jusqu’à leur archivage. La procédure est régie par les Directives sur les affaires du Conseil fédéral.