Die Sektion Bundesratsgeschäfte organisiert das Mitberichtsverfahren, traktandiert die Geschäfte und bereitet die Sitzungen des Bundesrates vor. Sie erstellt zuhanden der Mitglieder des Bundesrates und ihrer Stäbe Zusammenfassungen der von den Departementen und der Bundeskanzlei eingereichten Mitberichte und Stellungnahmen, die so genannten Differenzenlisten.

Nach der Bundesratsitzung sorgt die Sektion Bundesratsgeschäfte für die Ausfertigung und Verteilung der Beschlüsse. Sie betreut die Dossiers während der ganzen Zeit bis zur Archivierung. Die Richtlinien für Bundesratsgeschäfte regeln das gesamte Verfahren.