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M. Lobsiger est entré à fedpol en juillet 1995. Il y a depuis lors exercé diverses fonctions. De janvier à décembre 2000, il a dirigé par intérim la Section Analyse criminelle avant d'être nommé chef de la Section Service juridique / protection des données. Le 1er novembre 2000, il a par ailleurs été nommé responsable du Centre de compétence en matière de forensique et de criminalité économique (Competence Center für Forensik und Wirtschaftskriminalität, CCFW) de la Haute école de gestion et d'économie de Lucerne et secrétaire de l'association suisse correspondante, CCFW Schweiz, fonctions qu'il occupera jusqu'en juillet 2005. M. Lobsiger dirige l'État-major de fedpol depuis cette date.