Le 24 janvier 2012, la cheffe du Département fédéral des finances (DFF) Eveline Widmer-Schlumpf a demandé l'ouverture d'une enquête administrative sur les procédures d'acquisition menées par l'AFC dans le cadre du projet informatique INSIEME. L'enquête s'est terminée par la remise d'un rapport daté du 13 juin 2012.  

L'instruction a révélé que les responsables de l'AFC ont sciemment et pendant une longue période enfreint les prescriptions du droit des marchés publics dans le cadre du projet INSIEME. Les infractions se sont poursuivies même après que la direction du département eut réitéré son injonction de respecter la réglementation des marchés publics. Selon le rapport, la responsabilité des faits incombe en premier lieu au directeur de l'AFC. 

Sur la base des conclusions de l'enquête administrative, la cheffe du DFF a provisoirement suspendu de ses fonctions le directeur de l'AFC.
La direction de l'AFC est désormais assumée à titre intérimaire par Samuel Tanner, directeur suppléant. 

L'enquête administrative a en outre permis de constater des faits pénalement répréhensibles qui ont été dénoncés au Ministère public de la Confédération. La dénonciation pénale ne vise toutefois pas le directeur de l'AFC. L'enquête administrative et l'enquête pénale sont deux procédures distinctes et liées à des faits différents, qui ne dépendent pas directement l'une de l'autre.

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